A New York-i Magyar Ház az Amerikai Magyar Könyvtár és Történelmi Társulat, a Külföldi Magyar Cserkészszövetség és a Széchenyi István Társaság közös tulajdonában áll. A Magyar Ház fenntartó szervezete az Amerikai Magyar Irodalmi és Oktatási Alapítvány.
A Magyar Házat a tulajdonos társaságok által delegált Házbizottság irányítja, az operatív munkálatokat a Magyar Ház menedzsere végzi.
A New York-i Magyar Ház vezetősége:
- Felsővályi Ákos, elnök, Széchenyi István Társaság
- Hámos László, elnök, Amerikai Magyar Könyvtár és Történelmi Társulat
- Lendvai-Lintner Imre, elnök, Külföldi Magyar Cserkészszövetség
- Nagy Ildikó, operatív menedzser, New York-i Magyar Ház